Glyfosáty a tedy i Roundup, ve srovnání s většinou ostatních herbicidů, jsou považovány za bezpečnější variantu chemické ochrany rostlin, s ohledem na nižší mobilitu pesticidu v půdě, kratší životnost a nižší toxicitu pro živočichy. Je popisována teoretická možnost, že by mohlo dojít v reakci na časté používání herbicidu Roundup k vytvoření a šíření plevelů odolných k působení glyfosátu. V některých zemích Evropy je z bezpečnostních důvodů použití přípravku Roundup v druhé dekádě 21. století omezeno.
Mnoho zdrojů varuje před riziky plynoucími nadužívání přípravku Roundup a přípravků na bázi glyfosátu a Roundup Ready plodin. Občanská sdružení, ekologové i zemědělci, oborové i spotřebitelské organizace, v evropských zemích i USA sledují s obavami možné následky celosvětového rozšíření herbicidu Roundup v zemědělství ale i geneticky modifikovaných plodin v této souvislosti.
